三水区民政局下设办公室、救灾救助科（区减灾委员会办公室、区医疗救助办公室、区救助申请家庭经济状况核对办公室）、优抚安置科、基层政权和区划地名科、社会福利和社会事务科、残疾人事务科、社会组织管理办公室、区老龄工作委员会办公室、区慈善会。下属单位有：区社会福利中心、婚姻登记处、区殡仪馆、区殡葬管理所和区残疾人综合服务中心。
